Ao longo da década de 1990, o Arquivo Histórico-documental e o Arquivo Histórico-fotográfico foram incorporados à Biblioteca e Centro de Documentação, visando sua melhor conservação e organização, e também sua disponibilização para o pesquisador.

A modernização da Biblioteca e Centro de Documentação teve início na década de 1990, com o Projeto de Organização e Informatização do Acervo de Artes Plásticas da Biblioteca do MASP, patrocinado pelo Instituto Cultural Itaú, hoje Itaú Cultural.

Desde então foram executados diversos projetos para a organização e higienização de diferentes segmentos desse acervo, aquisição de livros, aquisição de mobiliário e equipamentos de informática.

De 1997 a 2001, a Biblioteca e Centro de Documentação esteve fechada em razão das obras de revitalização do Museu. Embora algumas atividades tenham sido suspensas, como o atendimento ao público e o processamento técnico das obras, outras atividades como a elaboração de projetos, colaboração em exposições e intercâmbio de publicações continuaram normalmente. Após a reforma, a Biblioteca e Centro de Documentação teve seu espaço físico redimensionado para dois andares, o 2º e 3º subsolos, e seu acervo armazenado em novas estantes deslizantes automáticas.

Para sua atualização, a Biblioteca e Centro de Documentação procurou em diferentes momentos o apoio e o patrocínio de agências financiadoras como a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo – FAPESP e a Vitae Apoio à Cultura, Educação e Promoção Social. Segue uma breve apresentação dos principais projetos de modernização realizados: